Interreg- ja Urban-yhteisöaloiteohjelman toimeenpanoa varten on hallintokomitea, jonka asettaa sisäasiainministeriö. Hallintokomitean toimikausi jatkuu, kunnes Euroopan yhteisöjen komissio on hyväksynyt yleisasetuksen 37 artiklassa tarkoitetun lopullisen täytäntöönpanokertomuksen.

Hallintokomitea yhteensovittaa ja suuntaa rakennerahastojen ja kansallista rahoitusta sekä antaa lausunnon hankkeiden soveltuvuudesta Interreg- ja Urban-yhteisöaloiteohjelmiin ja niiden rahoittamisesta. Hankkeelle ei voida myöntää tukea, ellei hallintokomitea ole puoltanut hankkeen rahoittamista.

Rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnoinnista annetun lain 21 b §:n mukaan "Hallintokomitean päätökset tehdään yksimielisesti. Hallintokomitean kannanottoa koskeviin päätöksiin ei voida erikseen hakea muutosta valittamalla".

Yksimielisyyden edellyttäminen ei koske esimerkiksi maakunnan yhteistyöryhmän päätöksentekoa, vaan jos sen kokouksissa yksimielisyyttä ei saavuteta, päätökseksi tulee mielipide, jota kaksi kolmannesta äänestäneistä on kannattanut.

Yksimielisyyden edellyttäminen on johtanut siihen, että kuka tahansa hallintokomitean jäsenistä voi halutessaan hylätä minkä tahansa hankehakemuksen. Tämä on omiaan johtamaan epä-toivottaviin ratkaisuihin ja hämärtää EU:n hyväksymän ohjelman sujuvaa toteuttamista.

Hallintokomitean toiminnan kannalta on siten tarpeen muuttaa rakennerahastojen kansallisesta hallinnoinnista annetun lain 21 b § siten, että mahdollistetaan äänestysmenettely vastaavasti kuin maakunnan yhteistyöryhmän päätöksenteossa on määritelty.

Eduskunnan hallintovaliokunta on mietinnössään (HaVM 19/2002 vp hallituksen esityksestä laiksi rakennerahasto-ohjelmien kansallisesta hallinnosta annetun lain muuttamisesta) perustellut yksimielisyyden edellyttämistä sillä, että "Lakiehdotuksen 21 b §:n 2 momentti tulee lisäksi sovellettavaksi myös sellaisissa Interreg-ohjelmissa, joita toteutetaan usean jäsenvaltion alueella, jolloin hallintokomitean jäseninä olisi myös toisten valtioiden kansalaisia. Yksimielinen päätöksenteko hallintokomiteassa on omiaan korostamaan eri valtioiden näkemysten tasapuolista huomioon ottamista päätöksenteossa." Tästä syystä voidaan yksimielisyyden edellyttämistä päätöksenteossa pitää edelleen perusteltuna niiden Interreg-ohjelmien hallintokomiteoissa, joita toteutetaan usean jäsenvaltion alueella.