Seurakuntayhtymän päätösvaltaa käyttää yhteinen kirkkovaltuusto. Se voi siirtää päätösvaltaa hallintosäännössä yhteiselle kirkkoneuvostolle, sen jaostolle, seurakuntayhtymän johtokunnalle ja seurakuntayhtymän viranhaltijalle sekä päätöksellään seurakuntaneuvostolle. Päätösvaltaa ei saa siirtää 6 §:ssä eikä 15 §:n 1 momentissa tarkoitetuissa asioissa. Yhteiselle kirkkoneuvostolle voidaan kuitenkin siirtää päätösvaltaa 15 §:n 1 momentin 4 ja 5 kohdassa tarkoitetuissa asioissa. 

Yhteisen kirkkovaltuuston päätöksentekoon sovelletaan 9 §:ää. Määräenemmistö vaaditaan myös, jos päätös koskee 13 §:n 3 momentissa tarkoitettua perussäännön muuttamista tai vapaaehtoisesti muodostetun seurakuntayhtymän purkamista.