Yritystuista merenkulkuun kohdistuvat tuet ovat varsin poikkeuksellisia. Ne ovat pysyviä ja kohdistuvat tuettavien yritysten liiketaloudelliseen perustoimintaan. Muutoin yritystuet ovat pääsääntöisesti väliaikaisia. Tampereen yliopistossa vuonna 2017 tehdyn selvityksen mukaan matkustajamerenkulun tukien kokonaismäärä on noin 250 miljoonaa euroa vuodessa. Erityisen ongelmallisena voidaan pitää matkustajamerenkulkuun kohdistuvaa miehistökustannustukea. Matkustajamerenkulkuun vuosittain kohdistuvan miehistökustannustuen määrä on noin 39 miljoonaa euroa.  

Miehistökustannustuella on pyritty nettopalkkauksen kaltaiseen järjestelmään, joka vapauttaa varustamot työntekijöiden sosiaalikulujen ja palkasta ennakonpidätykseen kuluvan osan maksamisesta. Miehistökustannustuen välityksellä varustamoille palautetaan merimiesten palkan ennakonpidätys sekä työnantajan merimieseläkelaissa säädetty eläkevakuutusmaksu ja osuus tapaturmavakuutusmaksusta. Tuen haittavaikutuksiin lukeutuu valtion menojen kasvun lisäksi mantereen matkailu- ja ravintola-alan yritysten heikentynyt kilpailuasema ja siten niiden työllistämis-edellytysten väheneminen. Valtion menojen pienentämiseksi sekä matkailu- ja ravintola-alan kilpailuneutraliteetin parantamiseksi matkustajamerenkulun miehistökustannustuki on syytä ensi tilassa puolittaa.