Harkinnanvarainen yhdistymisavustus tulee käyttää uuden kunnan talouden vahvistamiseen. Avustuksen määrä perustuu 1 momentissa tarkoitetun vaikeassa taloudellisessa asemassa olevan kunnan aiheuttamiin taloudellisiin vastuisiin sekä niiden vaikutukseen uuden kunnan taloudelliseen asemaan. 

Valtioneuvosto päättää harkinnanvaraisen yhdistymisavustuksen myöntämisestä kuntajaon muuttamista koskevan päätöksen yhteydessä, jos avustuksen maksamista on esitetty 6 §:n mukaisessa kuntien yhteisessä esityksessä tai 16 a §:n 4 momentin mukaisessa kuntajakoselvittäjän ehdotuksessa.  

Harkinnanvaraisen yhdistymisavustuksen maksaminen voidaan jaksottaa enintään kolmen vuoden ajalle. Ministeriö maksaa avustuksen vuosittain maaliskuun loppuun mennessä. Avustuksen viimeistä maksuvuotta seuraavan vuoden loppuun mennessä kunnan tulee toimittaa ministeriölle tilintarkastajan lausuman sisältävä selvitys avustuksen käytöstä. Avustuksen takaisinperinnästä säädetään valtionoavustuslaissa. 

Harkinnanvaraisten yhdistymisavustusten yhteismäärää vastaava euromäärä vähennetään kunnan peruspalvelujen valtionosuudesta annetun lain mukaisesta valtionosuudesta. Valtionosuuden vähennys on kaikissa kunnissa asukasta kohden yhtä suuri. Jos harkinnanvaraiseen yhdistymisavustukseen varattua euromäärää ei kokonaisuudessaan käytetä varainhoitovuoden aikana, jäljelle jäänyt osa palautetaan kunnille asukasta kohden yhtä suurena osuutena varainhoitovuotta seuraavan vuoden aikana.