Sosiaali- ja terveyspalveluiden järjestämisvastuu on siirtymässä hyvinvointialueille vain muutaman kuukauden kuluessa. Yleisradion hyvinvointialueiden johtajille tekemästä tuoreesta kyselystä käy ilmi, että alueet arvioivat tarvitsevansa valtiolta jopa 1,5 miljardia lisää rahaa ensi vuodelle selvitäkseen kaikista kuluista. Hyvinvointialueiden vaikea lähtötilanne aiheuttaa vakavia riskejä jo ennestään koronakriisin jättämän hoitovelan, hoitajapulan sekä uusien velvoitteiden kanssa painiskeleville sosiaali- ja terveydenhuollon palveluille. 

Sote-uudistusta koskevassa hallituksen esityksessä uudistuksesta aiheutuvan palkkaharmonisaation kustannuksiksi oli arvioitu 124—434 miljoonaa euroa. Valtiovarainministeriö on kuitenkin arvioinut, että palkkaharmonisaation kustannusvaikutus määräytyy lopullisesti vasta monien tekijöiden perusteella, mm. sen mukaan, minkälainen palkkausjärjestelmä hyvinvointialueella otetaan käyttöön. 

Kesäkuussa 2022 hyvinvointialueiden johtajat arvioivat Lännen Median kyselyssä, että valtio ei ole varannut riittävästi rahaa palkkojen harmonisointiin. Lännen Median uutisesta selviää, että jo sovitut kunta-alan palkankorotukset nostavat hyvinvointialueille siirtyvien työntekijöiden nykyisiä palkkakuluja arviolta 950 miljoonaa euroa vuonna 2024. Yli 950 miljoonan euron lisääntyvien palkkamenojen päälle hyvinvointialueilla tulevat palkkaharmonisoinnin kulut. 

Myös Kunta- ja hyvinvointialuetyönantajien mukaan palkkaharmonisaation kustannukset ovat aikaisemmin arvioitua suuremmat. KT:n laskelmien mukaan harmonisointi nostaa työvoimakustannuksia vuositasolla noin 680 miljoonaa euroa.