Rakennerahasto-ohjelman merkitys Itä- ja Pohjois-Suomen uuden kasvun tukemisessa on keskeinen. Itä- ja Pohjois-Suomen alueille suunnattava osuus teknisestä tuesta on pudonnut edelliseltä ohjelmakaudelta 77 prosenttia, kun ohjelmarahoitus on pudonnut 16,5 prosenttia. Tämä epäsuhta vaikeuttaa huomattavasti välittävän viranomaisen toimintaa ja asettaa Itä- ja Pohjois-Suomen tuensaajat eriarvoiseen asemaan Etelä- ja Länsi-Suomen tuensaajien kanssa. 

Ohjelman ensimmäisen toteutusvuoden kokemusten perusteella hallinnon resurssien supistamisesta aiheutuvat haitat ovat selkeästi nähtävissä. Hyvän hallinnon näkökulmasta kriittisimpiä heikennyksiä on asiakaspalvelutason laskeminen kattamaan vain välttämättömät neuvonta- ja ohjauspalvelut. Ohjelman rahoitus- ja maksatushakemusten käsittelyajat pidentyvät merkittävästi, mikä aiheuttaa hakijoille ja tuensaajille taloudellisia riskejä ja epävarmuutta. Ohjelmatyön tuloksellisuus huononee, kun seuranta- ja ohjaustyötä pystytään toteuttamaan hankkeiden toteutusaikana hyvin rajatusti. Riskienhallinnan näkökulmasta edellä luetellut asiat voivat johtaa tilanteeseen, jossa Suomen rakennerahasto-ohjelman tulostavoitteet ja maksusuoritukset eivät toteudu asetetuissa tavoiteaikatauluissa. 

Vähentyneet resurssit johtavat siihen, että rakennerahasto-ohjelman toteuttamisen kustannuksia siirtyy yhä enemmän kunnille. Tämä on vastoin hallitusohjelman tavoitetta vähentää kunnille siirrettäviä velvollisuuksia.