Laivoilla syntyy runsaasti erilaisia jätevesiä käymälöistä, ruuantähteistä, peseytymisestä sekä tiskaamisesta. Mereen laskettavat jätevedet sisältävät typpeä ja fosforia ja pahentavat Itämeren rehevöitymistä, happikatoa ja leväesiintymiä sekä aiheuttavat muutoksia kalastossa sekä eliöyhteisöissä. 

Itämeren alueella matkustajalaivat eivät saa laskea käymäläjätevesiä mereen, mutta sen sijaan rahtialuksille vastaavaa kieltoa ei ole. Päivittäin Itämereen päästetään arvioilta 25 000 hengen miehistön jätevedet noin 2 000 rahtilaivasta.  

Kotka-Haminan satamakokonaisuus ei peri varustamoilta jätevesien käsittelystä erillistä maksua. Siitä huolimatta rahtialukset eivät pura jätevesiään maissa vapaaehtoisesti, joten sääntelyä on tarpeen kiristää. Jäteveden säilöminen vaatii aluksilta tankkitilaa, mutta nykyaikaiset käsittelylaitteet ovat kooltaan pienempiä ja painoltaan kevyempiä kuin aiemmin. Jätteet tulisi saada merien sijaan laivoista satamiin ja edelleen hyötykäyttöön.