Tullens organisation består av avdelningar och enheter som står utanför avdelningarna, vilkas uppgifter kan utformas utifrån en funktionsindelning eller regionalt. 

Tullen har en arbetsordning. I arbetsordningen ges närmare bestämmelser om Tullens organisation, dess indelning i avdelningar och enheter som står utanför avdelningarna, organiseringen av uppgifterna vid dessa och om beslutsfattande. Tullens arbetsordning publiceras i Finlands författningssamling. 

En avdelning inom Tullen och en enhet som står utanför avdelningarna kan ha en egen arbetsordning. 

Generaldirektören avgör de ärenden som hör till ämbetsverket, i fråga om vilka det inte har föreskrivits eller i arbetsordningen bestämts att de ska avgöras av någon annan tjänsteman vid Tullen. 

Generaldirektören fastställer Tullens arbetsordning.  

Generaldirektören fattar beslut om utfärdandet av sådana allmänna föreskrifter som faller under Tullens behörighet. Beslut fattas efter föredragning av en behörig tjänsteman. Föredragningen av föreskrifter ska avskiljas från fattandet av sådana förvaltningsbeslut som har samband med tillämpningen av föreskrifterna.  

Generaldirektören kan i enskilda fall förbehålla sig rätten att avgöra ett ärende som annars ska avgöras av en underlydande. Generaldirektören kan dock inte förbehålla sig rätten att avgöra ett enskilt ärende, i vilket det är fråga om ett enskilt ärende som gäller rättigheterna eller skyldigheterna för en fysisk eller juridisk person som är kund hos Tullen eller som hänför sig till förande av statens talan enligt 8 §. 

Generaldirektören utnämner tjänstemän som är direkt underställda generaldirektören. 

Generaldirektören utnämner de övriga tjänstemännen inom ämbetsverket och anställer övrig personal. I Tullens arbetsordning kan det bestämmas att en annan tjänsteman vid ämbetsverket ska avgöra ett ärende som omfattas av generaldirektörens behörighet att utnämna tjänstemän och som gäller utnämning av en annan tjänsteman eller anställning av övrig personal vid ämbetsverket. 

Särskilda behörighetsvillkor för chefer som är direkt underställda generaldirektören är de särskilda behörighetsvillkor som föreskrivs i 8 § 2 mom. i statstjänstemannalagen (750/1994). 

Förvaltningsklagan som har anförts över Tullens eller dess tjänstemäns verksamhet avgörs av generaldirektören eller av en annan tjänsteman som bestäms i Tullens arbetsordning. I Tullens arbetsordning kan det bestämmas närmare om avgörandet av en klagan som gäller Tullens eller dess tjänstemäns verksamhet och som anförts hos Tullen, en avdelning vid Tullen eller en enhet som står utanför avdelningarna. En klagan som gäller åtgärder av en chef för en avdelning vid Tullen eller en chef för en enhet som står utanför avdelningarna avgörs av generaldirektören. 

Bestämmelser om Tullens personal, särskilda behörighetsvillkor för vissa tjänster, Tullens delegation och förordnande av ställföreträdare för generaldirektören utfärdas genom förordning av statsrådet. Närmare bestämmelser om generaldirektörens uppgifter får utfärdas genom förordning av statsrådet.  

I Tullens arbetsordning bestäms om Tullens interna organisation, dess indelning i avdelningar och enheter som står utanför avdelningarna, organisering av uppgifterna, behandling av förvaltningsklagan och om beslutsfattande.  

Denna lag träder i kraft den 20. 

De avdelningschefer vid Tullen som utnämnts till tjänster på viss tid fortsätter vid ikraftträdandet av denna lag i tjänsten så länge som utnämningen varar. Bestämmelsen i 7 § 3 mom. i denna lag tillämpas första gången på chefstjänster när tillsättningen av tjänsterna blir anhängig vid Tullen.