Vapengömmoaffären
I april 1945 avslöjades för statspolisen, som då redan kontrollerades av kommunisterna, gömställen som hade tillkommit i början av vapenvilan. Överstelöjtnant Usko Haahti och överste Valo Nihtilä hade räknat med gerillaverksamhet i händelse av att ryssarna skulle ockupera Finland och hade gömt vapen och förnödenheter för att beväpna drygt 30 000 man. Man hade planerat att de skulle återlämnas våren 1945, om ockupationsfaran såg ut att vara över, men angivaren hann före. Affären tycks ha haft förgreningar ända till president Mannerheim. De anklagade berättade inte om sina förehavanden för de högsta officerarna, men överste Nihtilä nämnde saken för generallöjtnant Aksel Airo, som godkände planen och berättade om den för presidenten. Denne hade enligt Airo bara varnat för risken att bli upptäckt och uppmanat dem att iaktta största försiktighet.
De anhållna Haahti och Nihtilä vägrade att säga något. Enligt Mannerheim fanns det inga bevis på att de högsta officerarna skulle ha känt till saken, men han skrev till Nihtilä och uppmanade denne att berätta allt för Stapo. Detta ledde till att försvarsmaktens kommendör Heinrichs, som varit involverad i fredsförhandlingarna, avgick och att 2 000 personer anhölls, bland dem Airo.
Heinrichs blev presidentens inofficiella medarbetare. Mannerheim försökte förhindra arresteringen av Airo, men lyckades inte. Den folkdemokratiske inrikesministern Yrjö Leino och extremvänstern gick till angrepp mot militärerna och beskyllde dem för konspiration. Presidenten undvek åtal genom att Nihtilä och Airo skyddade honom. Rättegångarna i vapengömmoaffären, som pågick i januari 1947, avslutades i högsta domstolen först 1950. Airo friades medan Haahti och Nihtilä dömdes till fängelse. Enligt Tuomo Polvinen saknade rättegången inte komiska drag, när kontrollkommissionens företrädare den ryske generalen Savonenkov framförde sitt särskilda ogillande till statsminister Pekkala för att åklagaren slumrat till under sammanträdet.